Le musée national Eugène-Delacroix accueille, en plus des œuvres de sa collection, de nombreuses œuvres de dépôts provenant d’autres musées.
Parmi ces œuvres, figurent notamment :

Dépôts du musée du Louvre :

 RF 26, Eugène Delacroix, Lucille Virginie le Guillou
 RF 1397, Eugène Delacroix, Lionne prête à s’élancer
 RF 1400, Eugène Delacroix, Le Christ en croix
 RF 1942 15, Eugène Delacroix, La fuite de Loth
 RF 1953 5, Eugène Delacroix, L’assassinat de l’évêque de Liège
 RF 3091, Eugène Delacroix, Jenny le Guillou
 RF 1970 36, Eugène Delacroix, Portrait de Léon Riesener
 RF 2058, Anonyme, anciennement attribué à Eugène Delacroix, Coin d’atelier. Le poêle
 OD1 Bis, Eugène Delacroix, Palette de Delacroix
 RF 1962 26, Frédéric Villot, Mort de Sardanapale
 RF 1975 21, Alexandre-Marie Colin, Bataille
 RF 31853, Jules Robert Auguste, Soldat grec, debout, de dos, tenant un fusil
 RF 1942 12, Jules Robert Auguste, Femme nue de dos montant à cheval ou Amazone
 OA 5741 Antoine-Louis Barye, Lion au serpent
 RF 228, Antoine-Louis Barye, Lionne debout
 OA 5796, Antoine-Louis Barye, Jaguar qui marche
 DA 10 B, Pierre-Jean David D’Angers, Portrait de la baronne de Forget
 DA 68 A, Pierre-Jean David D’Angers, Portrait d’Eugène Delacroix
 RF 1657, Théodore Géricault, Cheval écorché
 RF1847, MV 5983, Antoine Etex, Eugène Delacroix

Dépôt du musée Carnavalet – Histoire de Paris :
  P409, Alexandre-Marie Colin, Le couronnement de Marie de Médicis le 13 mai 1610, d’après Rubens

Dépôt du musée des arts décoratifs :
  Inv. 19416, Antoine Etex, Buste d’Eugène Delacroix

Dépôt du Petit Palais – musée des Beaux-Arts de la Ville de Paris :
  PPS 283, Aimé-Jules Dalou, Buste d’Eugène Delacroix

Dépôt du musée du Quai Branly – Jacques Chirac :
  Inv. 75.14340, Odilon Redon, Le Triomphe d’Apollon, d’après Eugène Delacroix

Le musée national Eugène-Delacroix est également dépositaire de trois biens MNR (Musées Nationaux Récupération), en attente de restitution à leurs légitimes propriétaires :
  MNR 999, Eugène Delacroix, Portrait de jeune homme
  MNR 520, Eugène Delacroix, Scène biblique
  MNR 232, Eugène Delacroix, L’étang du Louroux